Empat tahun kemudian, perbaikan besar-besaran dilakukan lagi menjelang peringatan ke-100 tahun Gereja Mandomai. Pekerjaan yang dilaksanakan saat itu adalah mengganti atap sirap seluruhnya, melapis plafon dengan papan plywood pada bagian sisi kiri dan kanan dalam gereja, mengganti lantai depan pada teras gereja, mengganti sekaligus melakukan pelebaran tangga masuk, melapisi dinding belakang dengan sirap, memasang dinding pelapis bagian dalam seluruhnya, pengecatan dan pengapuran, dan melakukan perbaikan instalasi listrik.
“Biaya perbaikan sebagian besar mendapat bantuan dari pihak Zending Basel, ditambah sumbangan dari anggota sidang jemaat GKE Mandomai serta warga Mendomai yang berdomisili di luar Mandomai,” jelas Uhing.
Perbaikan besar-besaran kembali dilakukan tahun 1999. Pekerjaan yang dilakukan merupakan kelanjutan proyek Depdikbud Kanwil Kemenag Kalteng Bidang Kebudayaan, yang meliputi penambahan atau membangun kembali candi yang di tengah sehingga kembali menjadi tiga candi yang sebelumnya sempat jadi dua candi saja, kanan dan kiri, lalu membuat pagar keliling kompleks gedung gereja menggunakan kayu ulin. Kemudian menata saluran air dengan cor beton dan sistem solong menyeberang jalan agar air tidak tergenang di sekitar gedung gereja, dan mengganti tangga naik ke loteng yang sebelumnya berupa tangga lurus dijadikan tangga bentuk bordes tempat yang sebelumnya ada di sebelah kanan dipindah ke sebelah kiri masuk.
Saat ini beberapa bagian bangunan gereja mengalami kerusakan. Koster Gereja Imanuel GKE Mandomai, Wariso menuturkan menara atau candi yang ada di atas, sebagian atap, sebagian dinding, dan sebagian lantai rusak karena lapuk.
“Segala menara yang di atas, atap, dinding, dengan lantai itu perlu diperbaiki, dinding di dalam ini ada sebagian yang rusak, apalagi jemaat tidak dapat naik ke lantai dua gereja beberapa bagian lantai sudah keropos,” ucapnya. (dan/ce/ala)